Salah satu peninggalan bersejarah religi yang ada di kota Kudus, terletak di sisi barat kota Kudus atau denga istilah orang Kudus yaitu berada di "Kudus kulon".
Peninggalan dari Sunan Kudus atau yang bernama Jaffar Shadiq pada tahun 1549 Masehi atau tahun 956 Hijriah ini sarat dengan peninggalan budaya. Dalam melakukan dakwah penyebaran Islam di Kudus, Sunan Kudus menggunakan sapi sebagai sarana penarik masyarakat untuk datang untuk mendengarkan dakwahnya. Sunan Kudus juga membangun Menara Kudus yang merupakan gabungan kebudayaan Islam dan Hindu yang juga terdapat Masjid yang disebut Masjid Menara Kudus.
Mesjid Menara Kudus (disebut juga sebagai mesjid Al Aqsa dan Mesjid Al Manar) adalah mesjid yang dibangun oleh Sunan Kudus pada dengan menggunakan batu dari Baitul Maqdis dari Palestina sebagai batu pertama dan terletak di desa Kauman, kecamatan Kota, kabupaten Kudus, Jawa Tengah. Mesjid ini berbentuk unik, karena memiliki menara yang
serupa bangunan candi. Masjid ini adalah perpaduan antara budaya Islam dengan budaya Hindu.
Budaya yang masih terkenal sampai sekarang yaitu adanya larangan penyembelihan hewan sapi, karena pada zaman Sunan Kudus, kota Kudus merupakan kota dengan penganut agama hindu yang besar. Oleh karena itu maka pelarangan penyebelihan sapi untuk menghormati penganut agama hindu yang menyembah sapi sebagai hewan suci. Sampai sekarang tradisi itu masih berlangsung, walau ada beberapa warga yang sudah nekat untuk menyembelih sapi.
Budaya yang unik lainya adalah adanya tradisi dhandangan, yaitu tradisi menyambut datangnya bulan Ramadhan.
Sampai sekarang masih banyak warga sekitar Kudus dan kota-kota lain diluar Kudus yang datang berziarah kubur di makan Sunan Kudus, yang makamnya terletak di kompleks pemakaman dibelakang Masjid Menara Kudus.
Namun yang disayangkan adalah ada banyaknya pengemis yang meminta-minta di sekitar Kompleks masjid menara, sehingga kadang dirasa mengganggu kenyamanan para penziarah dan orang-orang yang akan melakukan ibadah di Masjid Menara Kudus